Skłon­ność do aler­gii (ato­pia) ma skom­pli­ko­wane pod­łoże gene­tyczne. Wia­domo, że jest to cecha dzie­dziczna i czę­sto wystę­puje u wielu człon­ków jed­nej rodziny, dla­tego wło­żono wiele wysiłku w odna­le­zie­nie genów pro­wa­dzą­cych do ato­pii. Wia­domo, że geny te powo­dują zabu­rze­nie wytwa­rza­nia się pra­wi­dło­wej reak­cji obron­nej lub tole­ran­cji w sto­sunku do anty­ge­nów nie­pa­to­gen­nych (czyli takich, które w nor­mal­nych warun­kach nie powo­dują choroby).

Wspo­mniane geny zawie­rają infor­ma­cję gene­tyczną dla sze­regu bia­łek istot­nych pod­czas wytwa­rza­nia się i prze­biegu odpo­wie­dzi immu­no­lo­gicz­nej na róż­nych pozio­mach: od zmie­nio­nej prze­pusz­czal­no­ści nabłon­ków bariery jeli­to­wej, skór­nej czy płuc­nej, do zwięk­sze­nia pro­duk­cji prze­ciw­ciał aler­gicz­nych. Cza­sami obec­ność danego genu lub jego zmu­to­wa­nej formy pro­wa­dzi do wytwo­rze­nia się reak­cji aler­gicz­nej, pod­czas gdy brak innego rów­nież może mieć takie konsekwencje.

Do tej pory udało się ziden­ty­fi­ko­wać kilka genów powią­za­nych ze skłon­no­ścią do aler­gii. Geny te peł­nią ważną rolę w utrzy­ma­niu struk­tury i funk­cji obron­nej zdro­wej tkanki oraz nie­do­pusz­cze­niu do inwa­zji pato­ge­nów do wnę­trza orga­ni­zmu. Nie­mniej, ich wpływ (a co za tym idzie nasi­le­nie obja­wów i roz­wój cho­roby u danej osoby) jest sil­nie mody­fi­ko­wany przez wpływy środo­wi­ska. Dodat­kowo, u osób z ato­pią czę­sto wystę­pują zabu­rze­nia reali­za­cji (eks­pre­sji) genów regu­lu­ją­cych mecha­ni­zmy odpo­wie­dzi immu­no­lo­gicz­nej, powo­du­jące powsta­wa­nie nie­pra­wi­dło­wej odpo­wie­dzi typu Th2.